Direktoratet ivaretar også funksjonen som realregister gjennom skipsregistrene Norsk Internasjonalt Skipsregister – NIS og Norsk Ordinært Skipsregister – NOR, og har som mål å være en attraktiv flaggstat med høy sikkerhet for liv, helse, miljø og materielle verdier. I tillegg arbeider Sjøfartsdirektoratet med holdningsskapende sjøvettarbeid overfor fritidsbåtbrukere.